出版社にとって在庫は資産なので、大量に余らす事を嫌います。
近年では自社の倉庫を閉鎖する出版社も増えていて、在庫せず短期間で絶版にしたりします。
なので、絶版品を扱えるアーカイブ的な施設、店に対して、流通からの反発というのはないのではないかと思います。
欲しいものが流通に無い場合、その店から取り寄せればいいのですから。
あとは、出版社がショールーム以上のものを運営するメリットを見いだせるかどうかですかね。

出版社にとって直販は必ずしも必要なものではなく、amazonや他取り次ぎが運営するオンラインを使って流通させる方が遥かにメリットがあると思います。
オンラインの直販に自社で取り組むための体力は相当いりますよね。

基本的に出版は流通（取り次ぎ）があることで生活できています。
流通に納品した分のお金はとりあえずもらえるので、出し続けられれば自転車操業ができます。
なにそのモデルはw、と思うんですけど、そんなにダメでもない仕組みじゃないと思います。

意味不明な中抜きはアホらしいですけど、問屋のメリット（一定量をまとめて仕入れてくれるとか、営業、流通を面倒みてくれるとか、商品に対して客観的に、ときには情熱をもって関わってくれるとか）が発揮されているうちは絶対悪ではないんじゃないですかね。
今後はわかんないですkど。

長々失礼しました。