・検索に引っかからない
Flashの遷移と同じ構造のhtmlを用意し、検索ロボをそちらにリダイレクトする（クローキング）。
この技術が白か黒かは、グーグルにメールで現在問い合わせ中。

・ブックマークできない
js経由でブラウザのlocationオブジェクトを動的に書き換えて現在の遷移を記録する。これにより現在の状態がブックマーク可能となるので、js経由でlocationを取得して再現してやる。

・ブラウザの文字サイズを取得できない
htmlでdivタグを使って画面外にダミーレイヤーを作り、その中に適当に文字を格納する。ブラウザの文字サイズを変えるとレイヤーのサイズが変わるので、そこからテキストサイズを概算。jsを使ってFlashに投げてやる。
さっき思いついたので未検証です！！

・ブラウザの「戻る」、「進む」ボタンが動作しない
swfの状態が遷移するごとに、不可視のiframeやフレームをリロードしてやる。「戻る」ボタンが押された場合swfでなく、フレームが更新されるので、onLoadあたりから情報を拾ってやって状態を遷移。

・けどダメブラウザではJavaScriptと相互通信できないじゃん
不可視IFRAMEの中にローカルコネクション（flash間通信機能）を持った通信用swfを配置し、JavaScriptでそのiframeをリロードすることで、js→FlashVars→通信用swf→本体swfとデータを送る。これによりiframeをサポートする全てのブラウザで、jsと通信ができる。

・サーバーで統計が取れない
amfphp & Remotingか、FCSを使用すれば秒単位のマウスの位置まで統計が取れる。

・開発環境が独自すぎてムカつく
EclipseでFlash統合環境をインストールしてMTSCコンパイラを使えば、コードだけでswf作れる。
Flex使えればXMLとアクションスクリプトだけでswf作れる。
名前忘れたけど、.net言語で書いてswfを出力するアプリがある。

・重い
５Ｋでクォータービューエンジンが作れる環境は重いとは言わない。コンテンツの問題。
コンポーネントが重い件は、自社サーバーに全てのコンポーネントを外部ライブラリ化してアップし、クロスドメインのパーミッションを今まで製作した全てのサイトに与えてやれば、各サイトはコンポーネントを共有するので一応軽いし、アップデートも自社内でできる（鯖管理のリスクは負うけど）。これは本来マクロメディアにやってもらいたいところ。

・変換中の日本語がＩＭＥから取得できない
すいません。これだけはFlashじゃあ無理です。
Google Suggest日本語版の完全コピーは不可能でした。
orz

・スクリーンリーダーで読めない
Flashのマニュアルを読め

・ＵＩがキーボードで操作できない
Flashのマニュアルを読め

・オープニングアニメがウザイ
Flashデザイナーを変えれ

・ナビゲーションがサイト毎に独自すぎでウザイ
Flashデザイナーを変えれ

以上。知ってる限りの対策方法。
他にも克服必須な弱点あったら教えてください。